Fue uno de los anacoretas de su época. Vivía de las verduras que daba la tierra, agua, un poco de sal y poco más. Compartía consigo mismo la soledad del desierto. La oración y la penitencia eran su principal modo de emplear el tiempo. A su cueva acudían las gentes a recibir consejo, escuchar lo que aprendía del Espíritu con sus rezos y a contrastar la vida con el estilo del Evangelio.

Se vió obligado a dejar la soledad contra su gusto porque fue nombrado obispo de Tebaida. Por defender a Cristo sufrió persecución, le amputaron una pierna y le vaciaron un ojo cuya órbita desocupada, según cuenta la historia, gustaba besar con respeto y veneración el convertido emperador Constantino.

Estuvo presente en el Concilio de Nicea, donde se defendió la divinidad de Cristo y se condenó el arrianismo.

En esa ocasión, al tratarse otros temas de Iglesia, tuvo el obispo Pafnucio la ocasión de dar muestras de profunda humanidad. El hombre que venia del más duro rigor del desierto y podía exhibir en su cuerpo la marca de la persecución se mostró con un talante más amplio, abierto, moderado y transigente que los padres que no conocían la dureza de la Tebaida ni los horrores de la amenaza, ni la vejación.

Numerosos padres conciliares pretendieron imponer que los obispos, presbíteros y diáconos casados dejaran a sus esposas para ejercer el ministerio. El obispo curtido en la dura ascesis anacoreta se opuso a tal determinación haciendo que se fuera respetuoso con la disciplina de la época: autorizar el ejercicio del Orden Sacerdotal a los ya casados y no permitir casarse después de la Ordenación.